RでMDSする方法のまとめ（予告編？）

MDS R

パッケージ名を{}の中に記し、関数名にはその後に()をつけることにする。

  • MDS
    • {stats} cmdscale()
  • MDSの応用例
    • {randomForest} MDSplot()：ランダムフォレストの結果求まった類似度（rf$proximity）を非類似度に変換（1 - rf$proximity）したものをMDS（cmdscale()）でプロットする。RColorBrewerで色を付けてくれる。
  • NMDS
    1. {MASS} isoMDS(), sammon()
    2. {vegan} metaMDS()
    3. {labdsv} nmds() （isoMDS()のラッパー）
    4. {smacof} smacofSym()：制約付きのMDSを実行できる。球面上の布置を求めるなどさまざまなモデルが選べる。
    5. {BiodiversityR} NMSrandom()：ランダム初期値からNM(D)Sを計算。 isoMDS()、またはsammon()ストレスを最小化する。（追記：2014/5/20）
  • 文献[3]によればできる（ただし未調査）
    1. {ecodist}
    2. {ggobi}
    3. {SensoMineR} （個体差のモデル化ができる）

きっと探せば他にもいろいろな実装があると思われます。分野や用途によっていろいろな応用例があるでしょう。